由于任务极度敏感，马鞭上级并没有告知刘剑具体的任务细节。
中国某基因研究机构发生一起盗窃案，草纯纯露被盗的是新近研发成功的基因程式，草纯纯露由于利用该程式可以快速大量地生产一种有效治疗艾滋病的药物，从而垄断市场，所以令世界瞩目。小龙感到自己对可馨也有了一种淡淡而莫名的爱慕之意，露用这一切困扰着他。
完要但一切终将了结。与此同时，不要鞭草可馨也知道了这一切，二人深深地陷入痛苦之中。与钟国强搭档的是当地警察陈小龙，用水用法是一个很有个性的警察，行事果断、积极、勇于挑战，不达目的绝不放弃。
由于李博士在境外神秘失踪，乳马警官钟国强被派往该国协调破案。同样，正确可馨也极其烦恼，她极力劝阻父亲退出生意场上的种种恩怨，但父亲无法同意她。
不久，马鞭在侦查一起暗杀李博士的事件中，国强和小龙发现凶手竟是小龙搭救过的少女任可馨。
草纯纯露而偷盗者恰恰是参与该程式研究的李博士。许多年后，露用爱德华（山田凉介饰）成长为这个国家中最年轻的钢之炼金术师，露用他与弟弟（水石亚飞梦配音）上下一心，共同奔跑在寻找贤者之石的道路上。
失去身体的阿尔冯斯，完要其灵魂被封禁在铠甲中，爱德华则以自己的右臂和左脚为代价，迫使弟弟止步冥国门前。悲伤的爱德华和阿尔冯斯两兄弟，不要鞭草试图利用炼金术中最大的禁忌——人体炼成术救活撒手人寰的母亲，谁知却遭遇巨大的灾难。
与此同时，用水用法神秘的人造人拉丝特（松雪泰子饰）、用水用法恩维（本乡奏多饰）盘桓这个国家的角落，她们策划者恐怖的勾当，一时间上空阴云密布……本片根据荒川弘的原作漫画改编乳马电影北少林描述了中国抗日战争时期武林人仕与日本侵略者的争斗
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